Syndicat professionnel, la FFPS dispose d’une gouvernance autour de 3 organes :
- L’Assemblée Générale des adhérents qui élit chaque année, courant mars, le Conseil Fédéral
- Le Conseil Fédéral qui définit la politique générale de la FFPS et qui élit un Directoire
- Le Directoire qui met en œuvre les actions de la FFPS. Il est composé de représentants de tous les acteurs de la Distribution Sélective dont des franchisés et des parfumeurs indépendants.